Prilikom odabira koji sistem koristiti ili kupiti, prvo treba uzeti u obzir koji su parametri najvažniji za eksperiment: brzina, osjetljivost, rezolucija, viševalna diskriminacija ili vitalnost ćelije, od kojih su mnogi parametri u sukobu jedni s drugima i trebaju biti kompromitovan. Drugo razmatranje je da li je svrha upotrebe ovog sistema za neku specifičnu detekciju ili za opštu detekciju. Uopšteno govoreći, sistemi sa većom fleksibilnošću u izboru hardvera su pogodniji za specifične inspekcije, ali imaju veće tehničke zahteve za montažu i upotrebu. Odabir sistema sa zrelim softverom štedi vrijeme. Koju god vrstu sistema da odaberete, prvo ga testirajte s vlastitim eksperimentalnim materijalima. Prodajni predstavnik kompanije mora odabrati odgovarajući filter, ekscitacioni izvor svjetlosti i objektiv objektiva u skladu sa fluorescentnom bojom koja se koristi u eksperimentu i potrebnim uvećanjem prilikom demonstracije opreme. Pored biološkog materijala od interesa, trebalo bi koristiti niz dijapozitiva koji sadrže različite boje za poređenje različitih sistema na osnovu dobijenih kvantitativnih podataka.
mikroskop
Prva stvar koju treba učiniti je odabrati između uspravnog (gledano odozgo) ili obrnutog (gledano odozdo) mikroskopa. Općenito, invertirani mikroskopi su korisni kada se posmatraju žive ćelije i dobijaju 3D slike visoke rezolucije. Faza invertnog mikroskopa olakšava eksperimentatorima manipulaciju uzorcima, olakšava mikroinjektiranje i olakšava korištenje inkubatora kontroliranih iz okoliša. U isto vrijeme, invertni mikroskop također pruža bolju mehaničku stabilnost za ugradnju CCD kamere.
Izbor objektiva
Izbor objektiva i način njegove upotrebe važan je parametar koji utiče na kvalitet slike. Odabir pravog mikroskopskog objektiva za medij za montažu je ključan za snimanje. Objektivi mikroskopa mogu funkcionirati u zraku (obično malog povećanja), potapanju u vodu (WI) ili otopini glicerola (80 posto), silikonskom ulju ili ulju za konvencionalne objektive (RI 1,50 do 1,534). Objektiv je najvažniji dio mikroskopa i mora se redovno pregledavati i čistiti.
