Svetlosni i elektronski mikroskopi se razlikuju jedan od drugog. Uporedite varijacije sličnih pojmova.
Optički mikroskop može vidjeti samo specifične ćelijske strukture, kao što su ćelijski zidovi, hloroplasti, obilježeni hromozomi, mitohondrije, jezgra, itd., dok elektronski mikroskop može promatrati sve ćelijske strukture. Pojednostavljeno rečeno, svjetlosni mikroskop može otkriti mikroskopsku strukturu ćelije, dok elektronski mikroskop može otkriti njen submikroskopski sastav.
Uvećanje je primarna razlika. Bez obzira na to koliko se zumiranje koristi, optički mikroskopi imaju maksimalno uvećanje koje ljudsko oko ne može razaznati. y(min)=0.61*talasna dužina / (n*sinu) Maksimum je otprilike 1,5 čak i ako je n*sinu potopljen u ulje, a preostale količine zavise od veličine talasne dužine. Stoga je zumiranje uzaludno jer je maksimalno uvećanje optičkog mikroskopa oko 1000 puta. Budući da je talasna dužina snopova elektronskih zraka koji se koriste za snimanje elektronskim mikroskopom znatno kraća od talasne dužine vidljive svjetlosti, oni mogu razriješiti sitne detalje, omogućavajući uvećanja do nekoliko miliona.
