Uočene su razlike između svjetlosnog i elektronskog mikroskopa.
Razlika između optičkog i elektronskog mikroskopa je u tome što optički mikroskop može vidjeti samo određene stanične strukture, kao što su ćelijski zidovi, hloroplasti, obojeni hromozomi, mitohondrije, jezgra, itd. male organele. Ukratko, svjetlosni mikroskop može vidjeti mikroskopsku strukturu ćelija, a elektronski mikroskop može vidjeti submikroskopsku strukturu.
Glavna razlika je u uvećanju. Optički mikroskopi imaju ograničenje uvećanja i bez obzira koliko je zum velik, ljudsko oko ga ne može razlikovati. y(min)=0.61*talasna dužina)/(n*sinu) —— Čak i ako je n*sinu uronjen u ulje, maksimum je oko 1,5, a ostatak zavisi od veličine talasne dužine. Dakle, maksimalni optički mikroskop je oko 1000 puta i beskorisno je zumirati. Elektronski mikroskopi koriste elektronske zrake za snimanje, a talasna dužina je mnogo manja od one vidljive svetlosti, tako da je minimalna rezoluciona udaljenost y(min) mnogo mogu se razriješiti manji i manji detalji, a uvećanje može doseći nekoliko miliona.
