Postoje dvije vrste fluorescentnih mikroskopa u smislu njihovog optičkog puta:
1. Transmisioni fluorescentni mikroskop: Izvor ekscitacije svjetlosti se koristi za pobuđivanje fluorescencije prolaskom kroz materijal uzorka kroz kondenzatorsko sočivo. Uobičajeni koncentratori tamnog polja također se mogu koristiti, a obični koncentratori se mogu koristiti za podešavanje reflektora za preusmjeravanje i bočno usmjerenje ekscitacijske svjetlosti na uzorak. Ovo je relativno star{3}}modni fluorescentni mikroskop. Njegova prednost je jaka fluorescencija pri malom uvećanju, ali nedostatak je što se fluorescencija smanjuje sa povećanjem. Stoga je bolje posmatrati veće materijale uzoraka.
2. Fluorescencijski mikroskop sa padajućim svjetlom je nova vrsta fluorescentnog mikroskopa razvijena u moderno doba. Za razliku od gore navedenog, ekscitacijsko svjetlo pada sa sočiva objektiva prema dolje na površinu uzorka, koristeći isto sočivo objektiva kao i kondenzator osvjetljenja i objektiv objektiva za prikupljanje fluorescencije. Dvobojni razdjelnik snopa treba dodati na optičku putanju, koja je udaljena 45 stepeni od laganog uranijuma. Ugao, ekscitacijsko svjetlo se reflektira u objektiv objektiva i fokusira na uzorak. Fluorescencija koju generira uzorak, kao i ekscitacijsko svjetlo reflektirano od površine sočiva objektiva i pokrovnog stakla, ulaze u sočivo objektiva i vraćaju se u razdjelnik snopa s dvije boje, odvajajući ekscitacijsko svjetlo i fluorescenciju. Filter za blokiranje apsorbuje preostalo pobudno svjetlo. Ako se koriste različite kombinacije ekscitacionih filtera/dvobojnih separatora zraka/filtara za blokiranje, one mogu zadovoljiti potrebe različitih fluorescentnih reakcijskih proizvoda. Prednosti ovog fluorescentnog mikroskopa su jednolično osvetljenje polja, jasna slika i jača fluorescencija sa većim uvećanjem.
