Dve korištenja mikroskopa:
Biološki mikroskop: Generalno gledano, mikroskopi se mogu podijeliti u dvije kategorije: stereomikroskopi i biološki mikroskopi. Zbog različitih svrha i zahtjeva pojavile su se mnoge grane, ali osnovni principi ostaju isti. Polarizacija, fazni kontrast, prijenos i pad svjetla i dalje su klasificirani kao biološki mikroskopi.
Stereoskopski mikroskop: Poznat i kao mikroskop za seciranje, čvrsti mikroskop i stereomikroskop, to je mikroskop sa mnogim korištenjima. Lako je djelovati, ne zahtijeva visoke standarde za uzorke, ima dugu radnu udaljenost i ima snažan osjećaj trodimenzionalnosti tokom promatranja. Može promatrati fizičke objekte i obavljati neke operacije na uzorcima dok promatraju. Za razliku od bioloških mikroskopa koji zahtijevaju rezanje uzoraka, rezanje zahtijeva odgovarajuće tehnike i opremu. Stoga stereomikroskopi imaju širok spektar primjene u mikroelektroniku, preciznom sklopu i održavanju instrumenata, mikro rezbarenje i drugim poljima. Široko se koristi u poljima biologije i medicine za anatomske operacije i mikrohirurgiju (trenutno klasificirani kao hirurški mikroskopi), njegov izvor svjetlosti može koristiti samo izvore hladnog svjetla (optička vlakna) u poljima biologije i medicine; Koristi se u industriji za promatranje, montažu, inspekciju i drugi rad malih komponenti i integriranih krugova.
Metallografski mikroskop: Mnogi ljudi to vole napisati kao "Zlatni mikroskop". Metallografski mikroskop je mikroskop posebno korišten za posmatranje metalografske strukture neprozirnih predmeta poput metala i minerala. Ovi neprozirni objekti ne mogu se primijetiti u redovnom mikroskopu prijenosa, tako da glavna razlika između njih je da se prva koristi reflektirana svjetlost, dok potonje koristi prenošenje svjetla za osvjetljenje. U metalografskom mikroskopu, snop osvjetljenja usmjeren je iz objektivnih sočiva prema površini promatranog objekta, koji se odražava na površinu objekta, a zatim se vratio na objektivne objektive za snimanje. Ova reflektirajuća metoda osvjetljenja također se široko koristi u otkrivanju integriranih silikonskih vafla.
